Театр организован в 1938 году как гастрольная бригада артистов-кукловодов. В репертуаре были спектакли: «Коричневая чума», «Большой Иван», «Сон Гитлера». Во время Великой Отечественной войны театр трансформировался во фронтовую концертную бригаду и выступал с антифашистской программой. После войны в 1949 году театр закрывается и лишь в 1963 году возобновляет свою работу как стационарный краевой театр кукол. Первый спектакль после второго открытия театра — «Снегуркина школа» состоялся 6 января 1964 года в здании барнаульской филармонии. С 1970 года театр кукол размещается в здании на улице Пушкина.
В современном репертуаре театра есть спектакли для дошкольников, младшеклассников и подростков. В планах театра — постановки для взрослых. Коллектив театра ведет активную гастрольную деятельность в регионе, ежегодно приобщает к театральному искусству до 60 тысяч зрителей. За период своего существования театр принял участие в 11 международных и 10 фестивалях Сибири, Урала и Дальнего Востока.