Скопа — редкий гнездящийся перелетный вид. В заповеднике гнездится только на Телецком озере. В 2026 году отмечено два места гнездования.
Черный аист — тоже редкий гость, причем в этом году в его гнезде нашлось место для четырех птенцов. Первый случай гнездования черного аиста в заповеднике зафиксировали в 2024 году. Тогда орнитолог Олег Митрофанов обнаружил гнездо у реки Кыга с четырьмя птенцами.
В 2025 году у пары было два птенца, а в 2026-м — снова четыре.
