Родился 26 июня 1963 г. в г. Москве в семье инженеров.
В 1986 г. окончил с отличием Московский химико‑технологический институт (МХТИ) им. Д.И. Менделеева, в 1988 г. ‑ Институт народного хозяйства им. Г.В. Плеханова.
В 1986 г. Михаил Ходорковский был избран членом Свердловского районного комитета ВЛКСМ. В 1986‑1987 годах работал преподавателем и одновременно был заместителем секретаря Фрунзенского районного комитета ВЛКСМ.
В 1987 году Ходорковский стал одним из организаторов Фрунзенского районного научно‑технического центра творчества молодежи(ЦНТТМ) города Москвы при Фрунзенском райкоме ВЛКСМ. В 1987‑1989 гг. ‑ директор ЦНТТМ и Фонда молодежной инициативы.
В 1989‑1990 гг. был председателем правления Коммерческого инновационного банка научно‑технического прогресса, учрежденного ЦНТТМ при содействии Жилсоцбанка.
В 1990‑1991 гг. Ходорковский занимал пост генерального директора межбанковского объединения "Межотраслевые и научно‑технические программы" ("МЕНАТЕП"), созданного на базе ЦНТТМ и Коммерческого инновационного банка научно‑технического прогресса. С 1991 г. ‑ председатель совета директоров объединения "МЕНАТЕП".
В 1992 г. Ходорковский был назначен председателем Инвестиционного фонда содействия топливно‑энергетической промышленности с правами заместителя министра.
С марта 1993 г. ‑ заместитель министра топлива и энергетики РФ.
В 1993‑1996 гг. ‑ председатель правления, председатель совета директоров "МЕНАТЕП" (в 1996 г. оставил пост председателя правления, сохранив за собой руководство советом директоров "МЕНАТЕП").
В 1994 г. входил в совет представителей уполномоченных банков при Правительстве г. Москвы; в 1994‑1995 гг. ‑ член рабочей группы оперативной комиссии Правительства РФ по улучшению платежной дисциплины, с 1994 г. ‑ заместитель координатора Совета по промышленной политике и предпринимательству при Правительстве РФ.
С сентября 1995 по май 1996 г. Ходорковский занимал должность председателя совета директоров ЗАО "Роспром" ‑ холдинговой компании банка "МЕНАТЕП", осуществлявшей управление промышленными предприятиями банка.
В 1996 г. был членом консультативного совета по банковской деятельности при Правительстве РФ, членом комиссии по проведению инвестиционных конкурсов Министерства экономики РФ.
После ухода с поста председателя правления банка "МЕНАТЕП" в апреле 1996 г., Ходорковский вошел в руководство НК "ЮКОС". Сначала он был назначен первым вице‑президентом, а в июне 1996 г. стал председателем совета директоров.
Был в числе 13 крупнейших предпринимателей РФ, подписавших в апреле 1996 г. обращение "Выйти из тупика", адресованное кандидатам на пост Президента РФ и содержащее призыв к поиску компромисса.
В феврале 1997 г. был назначен председателем правления управляющей компании "Роспром‑ЮКОС". В августе 1998 г. стал председателем правления ООО "ЮКОС‑Москва" (реорганизованной компании "Роспром‑ЮКОС").
В 2000 году Михаил Ходорковский стал президентом НК "ЮКОС", оставив пост председателя правления ООО "ЮКОС‑Москва".
С февраля 2001 г. ‑ член Совета по предпринимательству при правительстве РФ.
25 октября 2003 г. был задержан правоохранительными органами по подозрению в совершении уголовных преступлений по ст. 159 ч. 3 (мошенничество в крупном размере), 160 ч. 1 (присвоение или растрата), 165 (причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана или злоупотребления доверием), 198 ч. 2 (уклонение от уплаты налога физическим лицом), 199 ч. 2 (уклонение от уплаты налога организацией), 315 (злостное неисполнение решения суда) и 327 ч. 2 (неоднократная подделка документов), после чего допрошен и отправлен в следственный изолятор (СИЗО) №1 "Матросская Тишина".
3 ноября 2003 г. Михаил Ходорковский объявил о своем решении уйти из бизнеса и заняться общественной деятельностью в качестве председателя правления региональной общественной организации "Открытая Россия" ‑ благотворительного фонда, учрежденного НК "ЮКОС".
8 июня 2004 г. Мещанский районный суд г. Москвы принял решение об объединении уголовных дел в отношении экс‑председателя Правления ОАО "Нефтяная компания "ЮКОС" Михаила Ходорковского и экс‑председателя Совета директоров ЗАО "МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева.
31 мая 2005 года Ходорковский и Лебедев в рамках объединенного дела были приговорены Мещанским райсудом к 9 годам лишения свободы каждый. Кассационным определением Московского городского суда от 22 сентября 2005 г. срок был снижен до 8 лет. Они были признаны виновными по шести статьям УК, в том числе в мошенничестве, хищении денежных средств у государства, хищении ценного сырья апатитового концентрата в крупных размерах, нескольких неисполнениях решений арбитражных судов, уклонении от уплаты налогов с физических и юридических лиц.
В октябре 2005 г. Ходорковский был этапирован в колонию ЯГ 14/10 в городе Краснокаменск Читинской области. В декабре 2006 года переведен в СИЗО г. Читы.
5 февраля 2007 г. Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены новые обвинения по двум статьям Уголовного кодекса РФ: статье 160 ‑ хищение путем присвоения, статье 174 ‑ легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества.
В 1993 г. Всемирный экономический форум в г. Давосе (Швейцария) включил Ходорковского в список 200 представителей человечества, деятельность которых окажет влияние на развитие мира в третьем тысячелетии. В январе 2003 г. эксперты журнала "ЕвроБизнес" ("EuroBusiness") признали Ходорковского самым богатым гражданином РФ, а его состояние ‑ восьмым по размеру в Европе; кроме того, по версии журнала, Ходорковский замыкает рейтинг 30 самых богатых людей планеты (по данным на 2002 г., состояние бизнесмена достигло 8 млрд. евро). По рейтингу Forbes, в феврале 2003 года Ходорковский занял 1‑е место в России и 26‑е в мире.
24 мая 2011 года Мосгорсуд смягчил Ходорковскому наказание по второму уголовному делу. Срок лишения свободы снижен на 1 год - до 13 лет.
В июне 2011 года Ходорковский был этапирован в исправительную колонию № 7 в г. Сегежа (Карелия).
20 декабря 2012 года Президиум Мосгорсуда смягчил наказание Ходорковскому до 11 лет лишения свободы, в связи с изменением в ряде статей УК РФ. 6 августа 2013 года Верховный суд РФ смягчил наказание Ходорковскому с 11 до 10 лет и 10 месяцев. Таким образом, срок заключения Михаила Ходорковского истекал в августе 2014 года.
20 декабря 2013 года президент РФ Владимир Путин подписал указ о помиловании М. Ходорковского, освободив его от дальнейшего отбывания наказания.
В общей сложности Ходорковский провел в заключении более 10 лет (3709 дней).
Семейное положение: женат вторым браком, имеет четверых детей, в том числе сына от первого брака.
Хобби: коллекционирование дневников и записных книжек.