С 31 декабря 2003 года, после отставки Бориса Грызлова — исполняющий обязанности Министра внутренних дел Российской Федерации. 9 марта 2004 года назначен на должность Министра внутренних дел Российской Федерации.
В 2004 году опубликовал свою книгу «Министерство внутренних дел. 1902—2002: Исторический очерк».
Генерал армии (27 декабря 2005).
С февраля 2006 года по должности является членом и заместителем председателя Национального антитеррористического комитета Российской Федерации.
В период до 1 марта 2011 года под руководством Нургалиева произошла одна из самых крупных реформ ведомства начиная с 1917 года. Милиция сменила название и стала называться полицией.
Женат, воспитал двоих сыновей, оба стали офицерами. Жена Маргарита. Старший сын Максим окончил военную академию в Москве, младший Рашид — академию ФСБ. Своим любимым городом министр называет Петрозаводск. В 2006 г. стал почётным гражданином Республики Карелия «за личный вклад в укрепление законности и правопорядка на её территории». С детства увлекается хоккеем. Вегетарианец. «Ем мало, обхожусь орехами, зеленью, овощами и фруктами», — говорил Р. Нургалиев в одном из своих интервью. Является кандидатом экономических наук (тема диссертации — «Экономические аспекты формирования предпринимательства в современной России»).