Вторая волна проходит в третьей декаде мая-первой декаде июня, в период активного снеготаяния в предгорных и горно-таежных районах Республики Алтай. Основная опасность – подъем уровня воды в реках выше критических отметок, подтопление населенных пунктов, сельхозугодий, расположенных в низинах.
По оценкам специалистов, предположительно, вскрытие верхней Оби и ее притоков произойдет: на реке Обь (Барнаул) – 16 апреля, на реке Бия (Бийск) – 13 апреля, на реке Чарыш ("Чарышский" Усть-Калманского района – 13 апреля), на реке Чумыш (Тальменка) – 17 апреля.
В 2009 году во второй половине ноября и в начале декабря наблюдался "осенний паводок". Из-за обильных осадков в республике Алтай увеличился сток в верховьях рек, в то время как на территории Алтайского края шел ледостав рек. Из-за образования шуги и наледей в низовьях рек Ануй, Бия, Катунь, Сараса произошло перекрытие "живого" русла рек и, как следствие, повысился уровень воды на Ануе в районе Антоньевки Петропавловского района. Это привело к подтоплению низменных участков микрорайона Ленина, на реке Сараса Алтайского района была угроза подтопления села Сараса.
Высока вероятность того, что в юго-восточных районах произойдет наложение осеннего и весеннего паводка и возникнет угроза подтопления населенных пунктов и инфраструктуры районов. Возможно формирование высоких заторных уровней воды на реках в период ледохода.
Максимальные уровни весеннего половодья на большинстве рек ожидаются выше нормы. В этот период возможно достижение опасных отметок, подтопление населенных пунктов, хозяйственных объектов на реках Бия в районе Бийска, сел Сосновка, Сайдып; Катунь – в районе Сросток, Чарыш в районе села Белоглазово, Обь в районе Барнаула, Чумыш в районе Тальменки.
Из-за значительной толщиной льда в период вскрытия рек возможны ледовые заторы на Оби (Барнаул, Шелаболиха, Камень-на-Оби), Чумыше (Шепицыно, Староперуново), Бии (Новиково, Усятское).
