Родился 3 сентября 1966г. в г. Рубцовске Алтайского края.
В 1983г. окончил 42 барнаульскую школу и поступил в Алтайский государственный университет на исторический факультет.
С 1985 по 1987 (после окончания второго курса АГУ) проходил срочную службу в войсках связи под Новосибирском. Закончил службу 15 мая 1987 года в звании старшего сержанта, замкомвзвода роты связи. Был награжден медалью"За отличие в воинской службе".
В студенческие годы ведет активную общественную жизнь, и к концу 80-х становится одним из основоположников демократического движения на Алтае. По окончанию ВУЗа был приглашен работать на кафедру Всеобщей истории АГУ.
В 1991 году В.А. Рыжков был назначен секретарем администрации Алтайского края в ранге заместителя главы администрации края. На этой должности отвечал за кадровую политику, взаимодействие с органами местного самоуправления, курировал работу ряда социальных комитетов, взаимодействие с политическими организациями и СМИ.
В декабре 1993 г . В.А. Рыжков был избран депутатом Государственной Думы РФ первого созыва. Работал заместителем председателя Комитета по делам Федерации и региональной политике.
В декабре 1995 г. – В.А.Рыжков избран депутатом Государственной Думы РФ второго созыва. В 1997 г. при поддержке всех фракций избран первым заместителем (первый вице-спикер) председателя Государственной Думы РФ.
В 1999 г. В.А. Рыжков избирается руководителем фракции НДР.
19 декабря 1999 г. В.А. Рыжков избирается депутатом Государственной Думы по Барнаульскому избирательному округу №34.
В 1996 - 1997 гг. - заместитель председателя Комитета по делам Федерации и региональной политике, член трехсторонней комиссии (Правительство - Совет Федерации - Государственная Дума) по бюджетной политике.
7 декабря 2003 г. В.А. Рыжков еще раз повторил свой успех. В Барнаульском избирательном округе за него проголосовало 35,1 % избирателей, пришедших на выборы.
В 2000 году В.А. Рыжков защитил кандидатскую диссертацию в Санкт-Петербурге, кандидат исторических наук.
В 2005 году вошел в состав Политсовета Республиканской партии, в 2006 был избран сопредседателем ныне незарегистрированной Республиканской партии России.
Рыжков был ведущим почти всех многотысячных митингов «За честные выборы!» 2011—2012 годов в Москве.
На выборах в Государственную думу (2016) баллотировался в составе федеральной части списка партии «Яблоко» и по одномандатному округу в родном Алтайском крае. В федеральной части партийного списка партии «Яблоко», занял третий номер (первое место занял глава политкомитета партии Григорий Явлинский, второе — председатель Эмилия Слабунова
Профессор ГУ "Высшая школа экономики" (Москва), политический обозреватель "Новой газеты", автор и ведущий аналитической программы на радиостанции "Эхо Москвы", председатель общественного движения "Выбор России". Автор книг "Четвертая республика" и "Дарованная демократия", множество статей. Профессиональные интересы: история, политология, государственное строительство, взаимоотношения ветвей власти, вопросы федерализма, региональной политики, местного самоуправления, внешняя политика. Координатор международного общественного комитета "Россия в глобальной политике". Статьи по вопросам истории, законодательства, политологии и международных отношений ("Известия", "Ведомости", "The Moscow Times", "Новая газета").
Увлекается спортом, искусством, путешествия.
Женат, воспитывает дочь.