Геннадий Малков родился в 1956 году в Барнауле. Окончил Алтайский политехнический институт (инженер-строитель). С 1985 года занимал должность начальника отдела по учету и распределению жилой площади Индустриального райисполкома Барнаула. С 1987 года — заместитель начальника аналогичного отдела в администрации Барнаула. Позже работал в управлении социального развития объединения «Главалтайстрой». С 1991 года — генеральный директор агентства недвижимости «Дом». Женат, воспитал двоих детей.