В 1918 году барнаульские комсомольцы основали молодежную студию. Тогда у них не было своего здания, и репетировали артисты где придется: в городских парках, клубах, на квартирах. И только 24 сентября 1958 года в документах появилось название - Алтайский краевой театр юного зрителя.
Основателями Алтайского ТЮЗа были главный режиссер Григорий Томилин и директор Леонид Трухин. Первыми актерами были Василий Кондратов, Александр Виноградов, Раиса Шадрина и другие комсомольцы.
Свой первый спектакль "Именем революции" ТЮЗ в статусе профессионального театра показал на сцене клуба меланжевого комбината.
В 60-70-е годы в театр пришли молодые актеры, сейчас уже заслуженные артисты: Георгий Асатиани, Людмила Познякова, Нина Таякина, Николай Лопатин.
В 1997 году директором ТЮЗа стала Татьяна Козицына. В репертуаре появились спектакли приглашенных режиссеров и художников.
С 1998 года ТЮЗ стал называться "Молодежным театром Алтая".
Сейчас в труппе много талантливых, интересных и заслуженных артистов, а на подмостках театра осваивают актерскую профессию студенты курса Валерия Золотухина.
Театр известен далеко за пределами города и края: летом 2008г. спектакль "Прекрасное далеко" по пьесе Данилы Привалова стал победителем в номинации "Открытие года" на Международном фестивале новых пьес в немецком городе Висбадене, а режиссер спектакля Дмитрий Егоров награжден дипломом жюри VII межрегионального театрального фестиваля "Сибирский транзит" "За создание спектакля".
Театральный сезон 2008-09гг. был 50-ым. В юбилейном театральном сезоне МТА состоялись премьеры: пиратская сказка «Веселый Роджер» (режиссер - Виктор Захаров), новые приключения девочки Элли и ее друзей "Урфин Джюс и его деревянные солдаты" (режиссер - Марат Свободный). В репертуаре Молодежного театра Алтая появилось два спектакля по рассказам Василия Шукшина. В киноспектакле "Праздники детства" (режиссер – Марат Свободный) роль Деда исполнил народный артист России Валерий Золотухин.
21 мая 2011 года театр переехал в новое здание по адресу проспект Калинина, 2.