После вуза Шония работал в ремонтно-строительно-монтажное управлении при комбинате химволокна, который обслуживал крупные заводы Алтайского края. Начинал мастером, в 1992 году стал начальником управления. В 1996 году создал новое предприятие — «Селф», которое специализируется на строительстве многоэтажных жилых домов.
Также Нодар Шония совместно с предпринимателем Евгением Ракшиным (один из собственников "Маримя-Ра") приобрел федеральный памятник архитектуры — Барнаульского сереброплавильного завода. Планируется, что исторические здания реконструируют.